Jego żona Irena, z inicjatywy władz konspiracyjnych, podjęła nieudaną próbę wykupienia męża. W efekcie sama trafiła do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu.

W styczniu 1943 został przewieziony do obozu koncentracyjnego na Majdanku. W koszmarnych obozowych warunkach działał w konspiracyjnej organizacji, która namawiała więźniów do wolnej i niewydajnej pracy dla okupantów, symbolizowanej znakiem żółwia. W czasie ewakuacji więźniów Majdanka podjął próbę ucieczki. Nie powiodła się – został postrzelony przez SS, a następnie dobity przez żołnierzy Wehrmachtu na polach we wsi Liśnik Mały koło Kraśnika Lubelskiego w dniu 18 lipca 1944.

Odznaczenia Odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi w 1938.

Upamiętnienie Po wojnie jego prochy sprowadzono do Błonia i w sposób uroczysty pochowano na miejscowym cmentarzu. Pogrzeb odbył się 18 maja 1945 roku i stał się okazją do kilkutysięcznej patriotycznej manifestacji.

W 1979 hufiec Związku Harcerstwa Polskiego, działający na terenie Błonia i okolic, otrzymał imię Edwarda Przybysza. W ten sposób upamiętnili go harcerze i instruktorzy kontynuujący jego pracę.

W Błoniu znajduje się ulica im.