W 1992 został dowódcą rezerwowej Dywizji Spadochronowej, a w 1994 objął dowództwo Brygady Judei w Dywizji Judei i Samarii. W latach 1995–1997 był dowódcą Brygady Spadochronowej.
W październiku 1997 wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie rok później zdobył tytuł magistra bezpieczeństwa narodowego w Waszyngtonie. Ganc jako jeden z nielicznych izraelskich oficerów ukończył elitarny amerykański kurs szkolenia Zielonych Beretów.
Dowództwo Północne W 1998 objął dowództwo rezerwowej dywizji w Dowództwie Północnym Sił Obronnych Izraela. W 1999 został dowódcą Dywizji Libanu. W 2000 odpowiadał za wycofanie wojsk ze strefy bezpieczeństwa w południowym Libanie.
W 2000 został mianowany dowódcą Dywizji Judei i Samarii. Podczas jego kadencji, 28 września 2000 wybuchło palestyńskie powstanie intifada Al-Aksa. 1 października przy grobowcu Józefa na przedmieściach Nablusu został postrzelony druzyjski funkcjonariusz izraelskiej straży granicznej Medhat Josef. Ganc nie podjął decyzji o wysłaniu żołnierzy na palestyńskie terytorium i ranny Josef zmarł po 4 godzinach z upływu krwi, nie doczekawszy się pomocy lekarskiej. Kilka dni później, 12 października, doszło do linczu na dwóch izraelskich żołnierzach w Ramallah.