Historia Baszta zbudowana została prawdopodobnie w XIV, lub XV wieku. Jej głównym zadaniem była obrona Bramy Floriańskiej od strony wschodniej. Za jej obronę odpowiedzialny był cech pasamoników inaczej zwanych szmuklerzami. W początkowym okresie swojego istnienia baszta była oddana pod opiekę szewców. Na początku XIX wieku Baszta Pasamoników wraz z całą resztą murów miejskich Krakowa, była przewidziana do rozbiórki. W obronie m.in. owej baszty stanął prof. Feliks Radwański, który pisał: „Chronią one przed wiatrami wiejącymi pod Kościół Mariacki od Kleparza. Niedobre to wiatry, bo smrody i śmieci znosić będą, a także bezbożnie podwiewać spódnice Paniom Matkom i Żonom.” 13 stycznia 1817 r. Radwański wywalczył w senacie Rzeczypospolitej Krakowskiej decyzję o pozostawieniu dla potomnych fragmentu średniowiecznego muru obronnego, wraz z Basztą Pasamoników. W roku 2003, baszta przeszła gruntowną renowację, w ramach której odczyszczono jej mury, wymieniono dach i wyremontowano wnętrze baszty. Od 2007 roku, baszta znajduje się na Trasie Turystycznej Mury Obronne.