Jesienią 1944 roku wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Tarnowie. 20 czerwca 1948 roku przyjął święcenia kapłańskie z rąk bpa Jana Stepy. Pracował jako wikariusz w parafiach w Krościenku, Grybowie, Dąbrowie Tarnowskiej i Wojniczu. Od 1959 roku był ojcem duchownym kleryków tarnowskiego seminarium, a od 1969 Diecezjalnym Dyrektorem Unii Apostolskiej Kleru.
W 1969 roku, po ustąpieniu księdza Stanisława Indyka z funkcji proboszcza parafii Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski w Mościcach, Jan Rec został wyznaczony wikariuszem adiutorem parafii, zaś od 29 stycznia 1971 roku mianowany proboszczem. Od 1976 roku był dziekanem dekanatu Tarnów Zachód. Funkcję proboszcza w Mościcach pełnił do 1991 roku, jednocześnie wykonując obowiązki, między innymi, kapelana miejscowego zakładu karnego, szpitala przyzakładowego Zakładów Azotowych i tarnowskiego Związku Sybiraków.