5 maja astronauta obudził się o pierwszej po północy. Po śniadaniu, przy którym towarzyszyli mu John Glenn i doktor Bill Douglas, rozpoczął przygotowania; przeszedł badania lekarskie, przypiął czujniki i założył skafander. Pogoda była znacznie lepsza i uzyskano pozwolenie na start. Komunikat o starcie przekazano kontrolerom w dwóch pływających stacjach śledzenia. Oba okręty znajdowały się na Atlantyku, około 450 kilometrów od przylądka, na północ od wyspy Wielka Bahama. Shepard zajął miejsce w kapsule o godzinie 5:20. Za pomocą techników ułożył się poziomo w fotelu i nawiązał łączność radiową z Donaldem Slaytonem. Kokpit znajdował się na wysokości 18 metrów nad betonową płytą startową. Wnętrze kapsuły było tak ciasne, że astronauta ledwie mógł się wcisnąć. Oparcie fotela było umieszczone kilka centymetrów od osłony termicznej. Panel przyrządów znajdował się 60 centymetrów od twarzy, a półtora metra dalej upchnięte były spadochrony. O godzinie 6:10 właz do kapsuły został zamknięty, wieża pomocnicza została odsunięta od rakiety i astronauta pozostał sam. W razie awarii podczas startu astronauta miał trzy możliwości drogi ratunku. W przypadku eksplozji rakiety kapsuła zostałaby automatycznie odrzucona przez rakietę ratunkową. Drugi sposób ratunku to opuszczenie statku przez właz i zejście na ziemię za pomocą oczekującego dźwigu.