Tymczasem w 1258 Mongołowie zdobyli Bagdad, niszcząc abbasydzki kalifat, po czym ruszyli dalej na zachód, w kierunku Al-Dżaziry i Syrii. W tej sytuacji w listopadzie 1259 Kutuz doprowadził do detronizacji małoletniego Al-Mansura Alego i sam objął sułtanat, uzasadniając to koniecznością silnego przywództwa w obliczu zagrożenia, przy czym miał obiecać emirom protestującym przeciwko temu aktowi uzurpacji że ustąpi z tronu gdy Mongołowie zostaną pokonani. Kutuz stał się tym samym pierwszym z wielu późniejszych mameluków, którzy zdetronizowali syna swojego dawnego przywódcy (ustaz) by przejąć sułtanat, ustanawiając tym samym, jak to ujął Ibn Taghribirdi "groźny precedens, który doprowadził do upadku spraw Egiptu"Ibn Taghribirdi, An-Nudżum az-Zahira, vii, Cairo 1938, s. 56 za: . 25 stycznia 1260 Mongołowie zdobyli Aleppo, skąd wcześniej uciekł ajjubidzki sułtan An-Nasir Jusuf (1236 – 1260), tylko po to by niedługo później i tak dostać się do niewoli Hulagu-chana (1256 – 1265). W tej krytycznej sytuacji Kutuz i Bajbars porozumieli się ze sobą i ten ostatni 17 marca 1260 powrócił do Egiptu, po uzyskaniu zaprzysiężonej przez sułtana gwarancji bezpieczeństwa.