Przez wiele wieków diecezja krakowska ulegała licznym podziałom ze względu na rozbiory Polski (od XI w. Kraków był stolicą Polski i przez wiele wieków drugim po Gnieźnie ośrodkiem kościelnym w Polsce). Należała do: metropolii gnieźnieńskiej (do 1807), metropolii lwowskiej (1807–1818), metropolii warszawskiej (1818–1880), Stolicy Apostolskiej (1880–1925). Od 1925 jest częścią Archidiecezji krakowskiej i Metropolii krakowskiej. W roku 1992 w wyniku zmian podziału administracyjnego kościoła w Polsce nowe granice metropolii objęły – poza archidiecezją krakowską – diecezje bielsko-żywiecką, kielecką i tarnowską.
Za czasów bp. Andrzeja Zebrzydowskiego krakowska szlachta licznie przechodziła na kalwinizm przejmując katolickie kościoły. Mieszczanie zaś przechodzili na luteranizm. Bp Zebrzydowski opuścił diecezję i w roku 1558 usunął się do rodzinnego Więcborka co spowodowało dalszy rozwój reformacji. Za czasów bp. Piotra Myszkowskiego działalność w Krakowie rozwinęli jezuici, a także dominikanie, którym bp Myszkowski oddał kolegiatę św. Idziego.