XX wieku japoński językoznawca Shigeru Tsuchida opracował podział języków tajwańskich na trzy grupy: Języki tajwańskie Języki atajalskie Języki północno-zachodnie tajwańskie (północno-zachodnie formozańskie) Język saisijat Język taokas-babuza † Język pazeh † Języki południowo-tajwańskie (południowo-formozańskie) Języki tsouik Języki rukai Języki paiwańskie Język amis Język bunun Język pujuma Język paiwan Języki niesklasyfikowane
Podział ten krytykowany jest za oparcie go na podobieństwach językowych, a nie na wspólnych innowacjach.
Klasyfikacja języków tajwańskich według Roberta Blusta thumb|300px|Zasięg poszczególnych języków tajwańskich, za Tsuchidą, według klasyfikacji Blusta (1999) Pod koniec lat 90. XX wieku amerykański językoznawca Robert Blust zaproponował podział filogenetyczny oparty na innowacjach fonologicznych. Wyróżniono dziewięć grup: Języki austronezyjskie
Język atajal Język seediq
Język saisijat Język kulon † Język pazeh †
Język basaj-trobiawan † Język kawalan Język amis Język siraja †
Język taokas-babuza † Język papora-hoanja † Język thao
Język tsou Język kanakanawu Język saaroa