uwolniono go po dwóch miesiącach. Po wyjściu na wolność zamieszkał w Moskwie, u swojego przyjaciela ks. Władimira Strachowa, proboszcza cerkwi Trójcy ŚwiętejХрам Живоначальной Троицы в Листах znajdującej się w pobliżu dawnych obiektów zlikwidowanego monasteru Spotkania Włodzimierskiej Ikony Matki Bożej w Moskwie. Do kolejnego swojego aresztowania w listopadzie 1923 archimandryta Hilarion był jego przełożonym, kierując grupą rozproszonych w różnych miejscach mnichów. Cieszył się znacznym autorytetem wśród prawosławnych wiernych Moskwy.
W maju 1920 miała miejsce jego chirotonia na biskupa wieriejskiego, wikariusza eparchii moskiewskiej.
W 1921 Hilarion (Troicki) zaapelował o pomoc ofiarom klęsk głodu w Rosji. Mimo tego, w czasie represji związanych z akcją konfiskaty majątku Cerkwi uzasadnianej pozyskiwaniem środków na walkę z głodem, został w marcu 1922 aresztowany i zmuszony do wyjazdu do Archangielska. W czerwcu 1923 był już z powrotem w Moskwie, gdzie na nowo został najbliższym współpracownikiem uwolnionego z aresztu domowego patriarchy Tichona. Otrzymał również godność arcybiskupią. W lecie tego samego roku usunął z monasteru Spotkania Włodzimierskiej Ikony Matki Bożej zwolenników jednego z odłamów ruchu Żywej Cerkwi, kierowanego przez byłego metropolitę władykaukaskiego Antonina.