Jednak założone przez niego w 1815 roku w głębi kraju „wolne państwo wschodnich prowincji” nie zostało uznane i w następnym roku Urugwaj został anektowany przez Portugalczyków i przyłączony do Brazylii. W 1825 roku państwo odzyskało niepodległość, którą Argentyna i Brazylia uznały dopiero po trzyletniej wojnie w traktacie z Rio de Janeiro.
Z terytoriów spornych utworzono w 1830 roku Wschodnią Republikę Urugwaju. Mimo odzyskania niepodległości sytuacja w kraju była nadal niestabilna.
Niepokoje wewnętrzne stały się pretekstem do interwencji zbrojnych Argentyny i Brazylii, a nawet Wielkiej Brytanii i Francji. W latach 1839–1852 Urugwaj toczył wojnę z Argentyną, a w latach 1865–1870 w sojuszu z Argentyną i Brazylią walczył z paragwajskim dyktatorem Francisco Solano Lópezem. W pierwszych latach niepodległości o wpływy w kraju rywalizowały dwie partie polityczne – colorados z Partii Czerwonej, reprezentujący liberalną burżuazję miejską z wybrzeża oraz konserwatywno-klerykalni blancos z Partii Narodowej, związani z hodowcami bydła z interioru. Od początku niepodległości system polityczny zdominowany został przez Partię Czerwoną. W latach 70. XIX wieku doszło do stabilizacji wewnętrznej sytuacji oraz napływu zagranicznych inwestycji, głównie tych z Wielkiej Brytanii.