W marcu 1864 roku został aresztowany i skazany na karę śmierci, ale wyrok zmieniono na katorgę na Syberii. Trafił do Usoli, gdzie pracował w warzelni soli. Po ogłoszeniu częściowej amnestii przeniósł się do Irkucka i podjął się pracy nauczyciela domowego. Na zesłaniu przekonał się o swoim powołaniu zakonnym. W 1874 roku został zwolniony z wygnania. Powróciwszy do Polski, Kalinowski był wychowawcą księcia Augusta Czartoryskiego, późniejszego salezjanina i błogosławionego.
W 1877 wstąpił do zakonu karmelitańskiego, miał 42 lata. Po złożeniu pierwszych ślubów i odbyciu studiów teologicznych, przyjął święcenia kapłańskie w dniu 15 stycznia 1882 roku. Trzykrotnie sprawował funkcję przeora klasztoru w Czernej, tyleż razy był przełożonym klasztoru w Wadowicach. Spędził w zakonie 30 lat. Zmarł 15 listopada 1907 roku w Wadowicach. Jan Paweł II kanonizował go 17 listopada 1991 roku w Rzymie.