Do jego obowiązków należało rozbudowywanie fortyfikacji i stawianie budynków pomocniczych, np. prochowni. Otworzył też niedzielną szkółkę dla młodzieży.
Choć Kalinowski wyniósł z domu wiarę katolicką, w czasie studiów zaniechał przystępowania do sakramentów i jedynie od czasu do czasu wysłuchiwał Mszy świętych. Choć dalej wierzył w Boga i był przekonany o wyższości cywilizacji chrześcijańskiej nad innymi, zobojętniał religijnie, uznał się za sceptyka i popadł w duchowy marazm. Wiadomo jednak, że od czasu do czasu chodził do Kościoła, przebywając u Zurowów próbował nawrócić rosyjskiego arystokratę wyznającego islam, zapoznawał się z pobożnymi lekturami, np. Wyznaniami św. Augustyna, a w 1859 roku uczestniczył w rekolekcjach wielkopostnych. Przeżywał rozterki w kwestii tego, jaką drogę życiową powinien objąć i czy powinien wstąpić w związek małżeński. Praca zawodowa zostawiała mu dużo czasu wolnego; nie stronił od życia towarzyskiego i teatru. Jednakże w okresie pracy przy budowie kolei żelaznej powrócił do modlitwy i nie zaniechał już jej nigdy, ale jeszcze nie przystępował do sakramentów.