W tym samym roku złożył przed metropolitą Antonim wieczyste śluby mnisze i otrzymał godność archimandryty.
Był uczestnikiem ruchu ekumenicznego oraz ruchu na rzecz pokoju na świecie; wielokrotnie reprezentował Patriarchat Moskiewski na konferencjach poświęconych tym problemom.
12 maja 1987 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego nominował go na biskupa tambowskiego i miczurińskiego. Uroczysta chirotonia biskupia miała miejsce 31 maja 1987 w cerkwi św. Jana Teologa w Leningradzie, z udziałem metropolity leningradzkiego i nowogrodzkiego Aleksego, arcybiskupów gorkowskiego i arzamaskiego Mikołaja, nowosybirskiego i barnaułskiego Gedeona, biskupów stawropolskiego i bakijskiego Antoniego, kirowskiego i słobodzkiego Chryzanta oraz brukselskiego i belgijskiego Szymona. 25 lutego 1991 biskup Eugeniusz został podniesiony do godności arcybiskupiej.
Od 2001 do 2002 pełnił funkcję locum tenens eparchii niżnonowogrodzkiej, której ordynariuszem został w 2002, zachowując analogiczną funkcję w eparchii tambowskiej.