Na przełomie IV i V wieku zaczął pisać „O nauce chrześcijańskiej”, „Komentarz słowny do Księgi Rodzaju”, „O Trójcy Świętej”, „O wartości małżeństwa” i „O świętym dziewictwie”. Zaangażował się także w intensywną korespondencję z Hieronimem ze Strydonu.
Gdy w 410 roku wojska Alaryka zdobyły Rzym, Augustyn rozpoczął wygłaszać serię kazań i wysyłać wiele listów na ten temat. Wobec panującej paniki, władze w Kartaginie wydały edykt o tolerancji wobec donatystów, czemu sprzeciwiał się biskup Hippony. Ponadto martwił się o Rawennę, gdzie rezydował cesarz Honoriusz, wobec którego pozostawał lojalny. Jesienią tego roku wracał z Kartaginy do Hippony, jednak podupadłszy na zdrowiu, zatrzymał się w pobliskiej wiosce na czas rekonwalescencji. Wkrótce potem zaczął wygłaszać liczne kazania przeciwko donatystom, ponieważ dekret ograniczający ich prawa został zawieszony. 25 sierpnia 410 roku Honoriusz zarządził collatio czyli publiczną dysputę między chrześcijanami a donatystami. Debata miała trwać przez cztery miesiące w 411 roku, a jej arbitrem miał być Flawiusz Marcelin. Przywódcą grupy donatystów liczącej 284 biskupów był Petylian z Cirty. Sesje odbyły się 1, 3 i 8 czerwca w Thermae Gargilianae. Na ostatniej sesji Augustyn wygłosił mowę, która przekonała arbitra, i 9 maja Marcelin wydał werdykt na korzyść chrześcijan.