Na plenarnym posiedzeniu król ogłosił kasacje uchwały stanu trzeciego, wezwał do rozejścia się posłów i obradowania w osobnych kolegiach stanowych. Gdy mistrz ceremonii markiz de Dreux-Brézé, ponownie nakazał posłom opuścić salę. Bailly odpowiedział, że naród nie może od nikogo otrzymywać rozkazów.
15 lipca 1789 roku Bailly objął funkcję mera Paryża. W grudniu 1789 ujawniono nieudany spisek markiza de Favras. Ofiarami zamachu paść mieli: Baily, markiz de La Fayette i minister finansów Jacques Necker. Początkowo Baily należał do klubu Bretońskiego, jednak pod koniec 1789 opuścił go, by w kwietniu 1790 wraz z La Fayettem i Jeanem Josephem Mounierem powołać własną organizację – Towarzystwo 1789 rokuBądź Stowarzyszenie Roku 1789.. Podczas obrad Konstytuanty z 21 czerwca 1791 roku w sprawie ucieczki rodziny królewskiej z Paryża, Bailly próbował ratować wizerunek monarchy, formułując tezę o jego uprowadzeniu. 17 lipca 1791 roku w reakcji na antymonarchistyczną petycję podpisywaną na Polu Marsowym, Bailly naciskany przez Konstytuantę, ogłosił stan wyjątkowy. Wraz z silnymi oddziałami Gwardii Narodowej i La Fayettem, ruszył na Pole Marsowe. Tam gwardia oddała strzały do protestujących, zabijając około 50 osób.