Założycielami była grupa polskich chasydów, na czele których stał Rabbi Yitzchak Gerstenkorn.
Rozwojowi miasta sprzyjało osiedlenie się tutaj słynnego ortodoksyjnego rabina Avrahama Yeshaya Karelitza (1878-1953), który pochodził z Rosji (z terenów obecnej Białorusi). Z powodu jego obecności osiedliło się tutaj wielu religijnych Żydów. W latach 1936–1986 funkcję naczelnego rabina Bene Berak pełnił Yaakov Landau, który włożył wiele wysiłku w rozwój miasta jako ważnego ośrodka życia religijnego Żydów. Innymi znanymi tutejszymi rabinami byli: Eliyahu Eliezer Dessler (1892-1953), Yaakov Yisrael Kanievsky (1899–1985), Yosef Shlomo Kahaneman (1886-1969) i Elazar Menachem Mann Shach (1898-2001). Mieszkańcy Bene Berak posiadali niewielką ilość ziemi uprawnej i z tego powodu osada zaczęła rozwijać się w kierunku miejskim. W 1950 Bene Berak otrzymało prawa miejskie.
Nazwa Bene Berak jest jednym z miast wymienianych przez biblijną Księgę Jozuego 19:45