Każda z kompanii sanitarnych składała się z drużyny dowódcy i czterech plutonów. Pluton liczył dwie drużyny po dwie sekcje sanitarne. Dwa plutony z każdej kompanii były wydzielone do służby w szpitalu okręgowym i w szpitalach rejonowych. Szpital okręgowy dysponował trzema plutonami, a każdy z trzech szpitali rejonowych – jednym plutonem obsługi sanitarnej.
Dowódcy batalionu
mjr lek. Jan Pióro (do 21 I 1924) ppłk lek. Edward Miziura (od 21 I 1924) mjr lek. Włodzimierz Wachnowski (VI 1926 – 1928) ppłk lek. Otton Samójłowicz-Salamonowicz (VI 1930 – X 1931 → pomocnik komendanta 3 Szpitala Okręgowego)
Odznaka batalionu 31 stycznia 1929 roku Minister Spraw Wojskowych, marszałek Polski Józef Piłsudski zatwierdził wzór i regulamin odznaki pamiątkowej 3 Batalionu SanitarnegoDziennik Rozkazów Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 3 z 31 stycznia 1929 roku, poz. 24.. Odznaka o wymiarach 44x44 mm ma kształt krzyża o ramionach emaliowanych w kolorze wiśniowym z granatowym obrzeżem. W centrum tarcza z nałożonym srebrnym orłem.