W marcu 1942 został powołany na katedrę nowogrodzko-baranowicką w ramach tworzącego się Białoruskiego Kościoła PrawosławnegoA. Mironowicz, Kościół prawosławny..., s.217. Jednak już w sierpniu 1942 został przeniesiony na katedrę połtawską i łubieńską.
We wrześniu 1943 wrócił do Ławry Poczajowskiej, gdzie w 1944 został aresztowany przez NKWD, a następnie skazany na 12 lat łagrów, oskarżony o kolaborację. Po odbyciu wyroku patriarcha Aleksy I i Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wyznaczyli go od objęcia katedry omskiej i tiumeńskiej. Dwa lata później Beniamin (Nowicki) został arcybiskupem. 21 lutego 1958 został przeniesiony do eparchii irkuckiej i czyckiej.
Przed zwołaniem Soboru Lokalnego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w 1971 występował przeciwko zmianom w statucie Kościoła, według których proboszczowie nie byli już członkami rad parafialnych, a tylko „zewnętrznymi pracownikami” parafii, których usunięcie przez radę było w każdej chwili możliwe. Protestów w tej dziedzinie zaprzestał, gdy został z tego powodu zatrzymany przez KGB i poddany wyczerpującym przesłuchaniom. W rozmowie z biskupem brukselskim i całej Belgii Bazylim stwierdził, iż nie byłby na siłach w swoim wieku po raz drugi przeżywać zesłania lub więzienia.
W 1973 objął zarząd eparchii czeboksarskiej i czuwaskiej.