Pierwsze święcenia wyższe, subdiakonat – 2 sierpnia 1885. Święceń diakonatu udzielił mu 8 listopada 1885 kardynał Lucido Maria Parocchi, on też dnia 24 kwietnia 1886, w Wielką Sobotę udzielił mu upragnionych święceń kapłańskich. Dzień wcześniej jego wiara została jednak wystawiona na próbę, dowiedział się bowiem, iż zostanie wysłany nie do Afryki, której kulturę, historię i języki tubylcze zgłębiał przez cały pobyt w Rzymie, lecz do ojczyzny, by pełnić posługę wśród czarnej ludności. W duchu bezwzględnego posłuszeństwa musiał się zgodzić na tę decyzję przełożonych, choć było to dla niego duże rozczarowanie. Obrzęd ordynacji miał miejsce w bazylice laterańskiej. Pierwszą mszę odprawił dzień później, w Niedzielę Wielkanocną w bazylice św. Piotra. Do prymicyjnej mszy służył mu kardynał Giovanni Simeoni, dzięki któremu to ważne wydarzenie mogło mieć miejsce nad grobem pierwszego papieża.