Od tamtych czasów krakowianie posługują się pojęciem „magistrat” (zamiast ratusz, które w Krakowie ma wyłącznie historyczne konotacje).
W związku z rozwojem terytorialnym miasta i poszerzaniem jego granic administracyjnych poprzez wcielanie okolicznych miast (np. Kazimierz, Podgórze, Kleparz), jurydyk (np. Garbary), osad (np. Stradom), podmiejskich wsi (np. Branice, Bronowice Małe, Bronowice Wielkie), czy innych dystryktów administracyjnych (np. Nowa Huta), w Krakowie znajduje się obecnie kilka historycznych ratuszy, są to: wieża ratuszowa z pozostałościami krakowskiego ratusza na Rynku Głównym (dawny właściwy krakowski ratusz) ratusz kazimierski – dawny ratusz miasta Kazimierza stary ratusz Podgórski – dawny ratusz miasta Podgórza nowy ratusz Podgórski – dawny ratusz miasta Podgórza ratusz dawnej jurydyki Garbary
Struktura Urzędem Miasta Krakowa kieruje prezydent przy pomocy skarbnika miejskiego, sekretarza, dyrektora magistratu oraz dyrektorów departamentów.
Wykaz wydziałów