W 1998 nakazał publiczne spalenie prac liberalnych teologów prawosławnych: Aleksandra Mienia, Johna Meyendorffa i Alexandra SchmemannaO. Nadskakuła, Uprzedzenia między Polakami i Rosjanami. Religijny aspekt problemu, Ibidem, Łódź 2009, , s. 41.
W 1999, po skargach duchownych eparchii, Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego przeniósł biskupa Nikona (Mironowa) w stan spoczynku, uznając, iż biskup popełnił w swojej pracy błędy, które doprowadziły do podziałów wśród wiernych i duchowieństwa eparchii. Duchownego oskarżono również o homoseksualizm, zaś jego wyjazd z Jekaterynburga odbył się w atmosferze skandaluБывший екатеринбургский епископ Никон награжден орденом Сергия Радонежского. Miejscem pobytu hierarchy stał się Monaster Pskowsko-Pieczerski. Biskupowi umożliwiono jednak następnie objęcie funkcji proboszcza parafii Zaśnięcia Matki Bożej w Moskwie–Wieszniakach, otrzymał także cerkiewny order św. Sergiusza z Radoneża.
W 2013 został biskupem pomocniczym eparchii permskiej z tytułem biskupa dobriańskiegoВ Петербурге завершилось очередное заседание Священного Синода Русской Православной Церкви.