Rządy w archidiecezji limskiej objął 23 lutego tego samego roku i rozpoczął je od przeprowadzenia wizyty duszpasterskiej do klasztorów i kościołów w mieście, a następnie udał się do Ica, gdzie spędził trzy miesiące, po czym wyruszył w dalszą podróż do miejscowości położonych w dystrykcie Chancay.
Po powrocie jeszcze w 1732 roku położył kres zamieszkom mającym miejsce w klasztorze żeńskim pod wezwaniem Wcielenia Pańskiego, należącego do największych tego typu placówek w Limie. Bunt zakonnic związany rozpoczął się w 1729 roku i związany był z wyborami ksieni, którą ponownie została Maria de las Nieves, uzyskawszy największą liczbę głosów, jednak jej ponowny wybór był niezgodny ze statutem, zakazującym reelekcji na to stanowisko. W związku z tym poprzedni arcybiskup Fray Diego Morcillo uznał wybór za nieważny i wybrał na ten urząd siostrę Rosę de la Cueva, która zdobyła w głosowaniu drugie miejsce. Do podzielonego na dwa nawzajem zwalczające się obozy klasztoru wybuchały coraz liczniejsze skandale, co doprowadziło do wprowadzenia przez abp. Morcillo surowych zakazów dla sióstr zakonnych oraz użycia siły zbrojnej.