Na prawo od głównego ołtarza znajduje się kaplica franciszkańska w miejscu, w którym miał stać żłóbek. Jego istnienie poświadczają m.in. pisma Hieronima ze Strydonu, który mieszkał w pobliżu bazyliki w V w. Żłóbek, nie przez wszystkich archeologów i historyków uznawany za prawdziwy – Sacra Culla – znajduje się dzisiaj w Rzymie w bazylice Matki Bożej Większej. W kaplicy tej znajduje się ołtarz łaciński.

Grota pozbawiona jest dopływu naturalnego światła z zewnątrz. Jej wnętrze rozświetlają oprócz lamp elektrycznych 53 lampy oliwne. Ich użycie ściśle reguluje obowiązujące na terenie bazyliki Status Quo. Do kościoła rzymskokatolickiego należy 19 lamp. Ściany groty okrywa ogniotrwała tapeta z 1874 r., dar prezydenta Republiki Francuskiej Patrice’a Mac-Mahona. Do katolików, oprócz dużych 19 lamp u sklepienia groty, tapety i szeregu obrazów należą cztery lampy, które dzień i noc palą się w pobliżu srebrnej gwiazdy przy miejscu narodzenia.