Pochówki mogły odbywać się w niezachowanych emporach przybudówki (obecnie wyprowadzono fundamenty na powierzchnię) oraz pod posadzką naw bocznych katedry.
W 1611 roku świątynia uległa zniszczeniu w wyniku pożaru. Około 1627 roku opuszczony i zrujnowany sobór objął zakon dominikanów z przeorem Wacławem Grotowskim. Budynek został następnie adaptowany na kościół katolickiMarian Gorzkowski, Dominikanie za Dnieprem Szkic historyczny, Kraków 1876, s.23. Rozebrano stare zrujnowane apsydy i zastąpiono je większymi. Po wojnie domowej w Rzeczypospolitej (powstanie Chmielnickiego) toczącej się w latach 1648-1654 sobór powrócił do Cerkwi prawosławnej. Około 1672 roku do zachodniej części świątyni dobudowano ośmioboczną rotundę-narteks pod barokową kopułą latarniową z wysoką iglicą (rozebrana podczas renowacji po 1945 roku). W latach 1700–1702 Podczas kolejnej przebudowy w katedrze pojawiła się dzwonnica i kolegium.
W 1857 roku podczas remontu katedry rozebrano XVII-wieczne barokowe absydy i na ich miejscu zbudowano nowe, budynek powiększono w kierunku wschodnim o nową absydę, zmieniono także kształt szczytów.
Sobór został praktycznie zniszczona podczas II wojny światowej - podczas bombardowań pękły sklepienia, pożary zniszczyły wszystkie drewniane podłogi.