Na Maderze zdarzają się ulewne opady deszczu, powodujące osuwanie się błota i skał w stronę oceanu. Opady deszczu występują w półroczu zimowym. Roczna suma opadów wynosi 640 mm, a najmniejsze ilości opadów mają miejsce od maja do lipca, gdzie w każdym miesiącu spada do 30 mm deszczu. W okresie zimowym zdarzają się silne wiatry. Południe wyspy jest zazwyczaj nieco cieplejsze i bardziej suche od jej północnej części.
Na wyspie występują dwa niezwykłe zjawiska pogodowe. Pierwsze z nich to capacete (pol. „kask”), czyli gęsta zasłona z chmur, która napływa znad morza na południowe wybrzeże i przesłania je często do południa (najczęściej w lutym, marcu i czerwcu). Drugie zjawisko to leste – gorący i suchy wiatr znad Sahary: temperatura wyraźnie wzrasta, w powietrzu wirują drobinki piaskuJankowska Anna, Konrad Rutkowski: Madera. Seria: Pascal Lajt. Pascal, Bielsko-Biała, 2018, s. 16..
thumb|320px|Krajobraz Madery
Wody Madera posiada dość gęstą sieć górskich rzek, spływających dolinami do oceanu. Te krótkie rzeki na całej swej długości są pełne bystrzyn. W okresie letnim poziom wód drastycznie się obniża, a część rzek wysycha. Uboższa w cieki wodne jest Porto Santo. Ze względu na górską rzeźbę terenu, liczne są wodospady.