Istniały wątpliwości, komu siostry podlegają, czy jak wszędzie przełożonym bernardynów, czy też miejscowemu biskupowi. W tej sprawie zachował się zapis w kronice bydgoskich bernardynów z 1590 roku: „Ks. Sabastian Paulinus, proboszcz i oficjał bydgoski, zaczął dokuczać zakonnicom III Zakonu w Bydgoszczy, które w tym czasie były jeszcze w małej liczbie, obłożył je cenzurami kościelnymi z powodu zaległości w płaceniu pewnego podatku z domu, w którym mieszkały, ale został zganiony przez Hannibala z Kapui, nuncjusza apostolskiego w Polsce”. Z kontekstu wynika, że skargę do nuncjatury w obronie sióstr wnieśli bernardyni, a nuncjusz wziął zakonnice wyraźnie w obronę i ostrzegł oficjała, że użyje wobec niego całej swej władzy, jeżeli będzie w dalszym ciągu niepokoił zakonnice, które przecież nie należą do jego jurysdykcji. Siostry mieszkały w domu znajdującym się naprzeciw kościoła św. Idziego, znajdującego się w pobliżu kościoła bernardynów, a do którego chodziły na nabożeństwa. Niektóre z zakonnic zostały pochowane w kryptach kościoła bernardynów.