Bezkompromisowo walczył z heretykami. W bulli Excomunicamus et anathematisamus z lutego 1231 roku zatwierdził zwyczaj stosowania kary śmierci w stosunku do „doskonałych”, czyli przywódców katarskich. Kilka miesięcy później wprowadził oficjalnie urząd „inkwizytorów heretyckiej przewrotności” (inquisitores haereticae pravitatis), formalnie dając początek papieskiej inkwizycji. Z jego dekretów i bulli wynika, że jednym z celów powołania inkwizycji, oprócz skutecznego zwalczania herezji, było także niedopuszczenie do karania za nią osób niewinnych. W 1239 roku potępił „księgi Talmudu jako zawierające wszelkiego rodzaju obelgi i bluźnierstwa przeciwko nauce chrześcijańskiej”. Nakazał spalić owe księgi, by nie „roiło się od wielu strasznych herezji”. Był także autorem dokumentu Vox in Rama, skierowanego do Konrada z Marburga, w którym łączył praktyki heretyckie z kultem szatana i demonów.
19 marca 1238 roku wydał bullę, w której książę szczeciński Bogusław I jest tytułowany księciem Kaszub (bulla potwierdzała nadanie przez księcia Bogusława posiadłości koło Stargardu na rzecz zakonu joannitów). Jest to pierwsza w historii wzmianka o Kaszubach.
Kardynałowie mianowani przez Grzegorza IX
Uwagi