Podczas II wojny światowej zakład przybrał formę obozu pracy przymusowej, a Niemcy pracowali jedynie w administracji, pionie technicznym i nadzorczym. Pozostałe prace wykonywało około 3000 robotników przymusowych różnych narodowości, którzy zostali skoszarowani na terenie pobliskiego parku. Miesięcznie naprawiano 120 parowozów, których większość stanowiły lokomotywy uszkodzone podczas działań wojennych. W 1944 liczba pracowników sięgnęła 4000 i pracowano na 4 zmiany.
24 stycznia 1945 Gliwice zostały zajęte przez Armię Czerwoną. Podczas walk warsztaty zostały mocno zniszczone, wcześniej Niemcy wywieźli większość maszyn i urządzeń, a pozostałe sprzęty zniszczyli Sowieci. W zakładzie na stanowiskach naprawczych pozostały natomiast parowozy, których naprawy nie zdążono dokończyć.
Główne Warsztaty Parowozowe 17 września 1945 zakłady pod nazwą Główne Warsztaty Parowozowe zostały przekazane polskiej administracji i rozpoczęto ich odbudowę. W kwietniu 1947 roku ukończono pierwszą po wojnie naprawę główną parowozu. 1 stycznia 1950 warsztaty zostały przekształcone w Warsztaty Mechaniczne nr 5 w Gliwicach. W tym czasie na stanie PKP były parowozy 90 różnych serii, co wymuszało dodatkową produkcję części zamiennych, których nie był w stanie dostarczyć przemysł krajowy.