Brał udział w ruchu praw obywatelskich w celu zniesienia praktyki segregacji rasowej w hotelach.
Podczas pobytu w Spelman Zinn działał jako doradca w Pokojowym Komitecie Koordynacyjnym Studentów (, SNCC). Chociaż Zinn był utytułowanym profesorem, został wyrzucony w czerwcu 1963 roku, po poparciu studentów w walce przeciwko segregacji.
Podczas pobytu w Georgii, w artykule na temat ruchu praw obywatelskich Albany, Zinn opisywał ludzi, którzy brali udział „rajdach wolności”, by zakończyć segregację, i niechęć prezydenta Johna F. Kennedy’ego, by przeforsować stosowne prawo. Zinn wskazywał, że w owym czasie Departament Sprawiedliwości i FBI zrobiły mało, by zatrzymać degradowanie pracowników praw obywatelskich.
Zinn napisał jedną z wczesnych książek wzywających do zakończenia wojny w Wietnamie.