Dyskusje te były nie tylko akademickie, ale również praktyczne, skupiając się na realnych problemach społecznych i politycznych.
W ciągu lat, Instytut Tertio Millennio rozszerzył swoją działalność, tworząc międzynarodowe sieci współpracy z innymi instytucjami i organizacjami chrześcijańskimi w Europie i na świecie. Pozwoliło to na wymianę doświadczeń i idei, co przyczyniło się do rozwoju dialogu międzykulturowego czy ekumenicznego.
Od kwietnia 1998 roku do maja 2003 roku Instytut redagował dodatek religijno-społeczny do Gościa Niedzielnego o nazwie "Azymut".
W 2001 roku Instytut sformalizował swoją niezależność powołując osobną fundację, której cele odpowiadają zadaniom, jakie papież postawił przed katolikami na czas przełomu wieków.
W 2015 roku ITM obchodził swoje 20-lecie pod hasłem "Mosty, a nie Mury".
Do 2024 roku Instytut Tertio Millennio zrealizował ponad 330 projektów, w których uczestniczyło około 100 tys. osób, a szkoły przez niego organizowane ukończyło ponad 1500 osób.