Okres okupacji hitlerowskiej Kłosowski spędził w Zakopanem. Jego żona zmarła w 1943 roku, dzieci kolejno były wysyłane na roboty przymusowe: córka do Niemiec, skąd powróciła wkrótce po śmierci matki, syn w okolice Jasła i Przeworska. W 1944 roku uciekł i wstąpił do oddziału partyzanckiego Armii Krajowej, pod pseudonimem "Radosław", co stało się w 1946 roku powodem jego aresztowania przez NKWD i wywiezienia w głąb Związku Radzieckiego.
W 1947 roku Karol Kłosowski został przewodniczącym zakopiańskiego oddziału Związku Polskich Artystów Plastyków. W pięćdziesięciolecie twórczości artystycznej w 1958 roku został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi. W 1966 roku został kawalerem Orderu Odrodzenia Polski, dwa lata później otrzymał odznakę Zasłużonego Działacza Kultury. Zmarł w 1971 roku i został pochowany na Cmentarzu na Pęksowym Brzyzku (kw. P-II-25)śp. Karol Kłosowski. mały|Grób Karola Kłosowskiego na Cmentarzu Zasłużonych na Pęksowym Brzyzku Twórczość Karola Kłosowskiego to głównie malarstwo pastelowe i olejne, rysunki, wzory wycinanek, projekty koronek i mebli. Znaczna jej część jest eksponowana w rodzinnym muzeum w willi Cicha w Zakopanem, której dekoracja snycerska również jest dziełem artysty.