Wzorem swojego brata Piotr Leopold dążył do podporządkowania sobie kleru. W swoim niewielkim państwie zastał on trzy arcybiskupstwa, 15 biskupstw i 11 tysięcy księży świeckich oraz drugie tyle zakonników i zakonnic. Książę zniósł inkwizycję rzymską, zakazał publikowania bulli papieskich i składania darów dla obcych kościołów. Utrudnił również wstępowanie do stanu duchownego przez ograniczenia wiekowe dla wstępujących do nowicjatu (minimum 18 lat) i składających śluby (minimum 21 lat). Dążenia wielkiego księcia do podporządkowania i reformy duchowieństwa popierał biskup Pistoi Scipione Ricci, który stał się najbliższym doradcą księcia w sprawach kościelnych.
thumb|Piotr Leopold (pierwszy z prawej) wraz z rodziną Rozpoczęto kształcenie księży w seminariach w duchu nowej dyscypliny. Zwalczano przesądy, fałszywe cuda, pielgrzymki i procesje. Położono nacisk na obowiązek nauczania młodzieży religii. Ricci ułożył józefiński regulamin dla duchowieństwa, który spotkał się jednak ze sprzeciwem wszystkich biskupów. W 1786 r. zwołano więc synod diecezjalny do Pistoi, gdzie 234 księży przyjęło regulamin. Uchwalono również zwołanie synodu generalnego do Florencji. W tym czasie rozgorzał spór religijny, w którym konserwatywne duchowieństwo wspierała ludność chłopska, przywiązana do tradycji. W kwietniu 1787 r.