Literatura przedmiotu wyróżnia dwa główne zagrożenia dla zwierząt, a mianowicie – anormalne zachowania oraz choroby fizyczne, s. 23 oraz s.34. Anormalne zachowania są najczęstsze u płaszczek (24%) oraz u rekinów (15%). Dolegliwości fizyczne są bardzo częste i różnie się kończą. Głębinowe ssaki morskie z reguły żyją bardzo krótko w akwarium, a przypadki ich przeżycia w niewoli są dość rzadkie.
Kontrowersyjne są również sposoby pozyskiwania gatunków do akwariów. Przykładem może być nabycie za 1,9 miliona dolarów amerykańskich przez japońskie akwarium w Toba pary zagrożonych wymarciem i prawem chronionych manatów z rzeki Geba na mocy uzgodnień handlowych pomiędzy Japonią i Gwineą Bissau, które wywołały liczne kontrowersje instytucji pozarządowych.
Ekspozycje w akwariach publicznych thumb|Rekin wielorybi w Georgia Aquarium thumb|Białucha w Vancouver Aquarium Akwaria publiczne gromadzą i demonstrują – ogólnie rzecz ujmując – wszelkiego rodzaju organizmy wodne (flora i fauna). Oprócz ryb występują płazy, gady, mięczaki, szkarłupnie i inne bezkręgowce oraz ssaki morskie, a nawet ptaki, przy czym w akwariach znajdują się gatunki zarówno słodko-, jak i słonowodne. Akwaria mogą przyjmować bardzo specjalistyczne formy takie jak delfinarium, fokarium czy pingwinarium, a nawet rekinarium.