Wydział Prawa i Wydział Medycyny zostały założone w 1899, a Wydział Sztuk Wyzwolonych w 1906, co rozszerzyło zakres działalności uczelni poza nauki ścisłe i przyrodnicze.

W październiku 1947 Cesarski Uniwersytet w Kioto otrzymał obecną nazwę, a w 1949 przyłączono Trzecią Szkołę Wyższą, która przejęła wykładanie nauk wyzwolonych jako Wydział Nauk Wyzwolonych (Kyōyō-bu). Wydział został następnie rozwiązany w związku z powołaniem w 1992 Wydziału Zintegrowanych Studiów Humanistycznych (総合人間学部 Sōgō-ningen-gakubu).

Teraźniejszość Uczelnia promuje się jako uczelnia rozwijająca „ducha wolności akademickiej”. Wśród wykładowców i absolwentów uniwersytetu jest dziewięciu laureatów Nagrody Nobla, jeden zdobywca Nagrody Gaussa, pięciu uhonorowanych Nagrodą Laskera i dwóch, którym przyznano Medal Fieldsa, oraz wielu japońskich polityków, filozofów, ekonomistów i naukowców.

Uczelnia jest również znana jako miejsce narodzin filozoficznej „szkoły z Kioto” (京都学派 Kyōto-gakuha). Jej założycielem był Kitarō Nishida (1870–1945). W pobliżu uniwersytetu znajduje się spacerowa „Ścieżka Filozofii” (na zdjęciu), biegnąca wzdłuż wąskiego kanału.