Wkrótce Globocnik i Rainer znaleźli się w ostrym konflikcie z przywódcą austriackiej NSDAP Josefem Leopoldem, który nie akceptował umiarkowanej linii narzuconej przez Hitlera oraz podejrzewał, iż „grupa karyncka” zamierza osłabić jego wpływy w partii. W sierpniu 1937 roku Leopold doprowadził do usunięcia obu Karyntyjczyków z szeregów partii. Decyzję tę skutecznie zawetował jednak szef austriackiej SS Ernst Kaltenbrunner, któremu poparcia udzielił Heinrich Himmler. Ostatecznie Leopold został w lutym 1938 roku pozbawiony przez Hitlera władzy nad austriacką NSDAP. W międzyczasie, w lipcu 1937 roku, Globocnik został aresztowany po raz szósty, jednakże na polecenie szefa austriackiej policji jeszcze tego samego dnia unieważniono nakaz jego zatrzymania i wypuszczono go na wolność.