W stopniu podoficera SS wziął udział w kampanii wrześniowej. Po jej zakończeniu Himmler mianował go Dowódcą SS i Policji w dystrykcie lubelskim Generalnego Gubernatorstwa. Na nowym stanowisku organizował represje wobec polskiej inteligencji i duchowieństwa. Był także współodpowiedzialny za masowe egzekucje sowieckich jeńców wojennych. Opowiadał się za szybkim przekształceniem dystryktu w niemiecki obszar osiedleńczy. Zdaniem Bogdana Musiała jest prawdopodobne, iż to on opracował plan wymordowania polskich Żydów w obozach zagłady, a następnie przekonał do niego Himmlera. Kierował rozpoczętą w marcu 1942 roku akcją „Reinhardt”, podczas której w obozach śmierci i masowych egzekucjach zgładzono około 1,8 mln Żydów z Generalnego Gubernatorstwa i Okręgu Białystok. Ponadto zainicjował i kierował rozpoczętą w listopadzie 1942 roku operacją wysiedleńczo-pacyfikacyjną na Zamojszczyźnie.