Miała dobre relacje z siostrą króla Marią, z którą poznała się jeszcze za życia jej matki Katarzyny Aragońskiej.
Brat jej męża Tomasz poślubił wdowę po Henryku VIII Katarzynę Parr. Wkrótce obie szwagierki popadły w konflikt dotyczący królewskich klejnotów i pierwszeństwo ceremonialne na dworze królewskim. Wobec braku królowej-małżonki Anna jako żona lorda protektora rościła sobie pierwszeństwo w hierarchii dworu, uważając się za najwyżej postawioną kobietę w Anglii. Spór nie trwał długo, gdyż Katarzyna zmarła we wrześniu 1548 a sam Tomasz został stracony w marcu 1549.
Książę Somerset popadł w niełaskę, utracił wpływy i został osadzony w Tower w 1551. Annę również uwięziono. Edward został stracony za zdradę 22 stycznia 1552. Księżna-wdowa obawiała się, że podzieli los męża. W czerwcu 1552 zezwolono, aby w Tower odwiedziła ją matka.
Pod rządami Marii I Anna odzyskała wolność po objęciu władzy przez Marię I. Trzy córki Anny i Edwarda zostały damami dworu nowej królowej. Anna, mimo iż w latach 40. XVI wieku obracała się w kręgach reformatorskich, praktykowała katolicyzm zgodnie z oczekiwaniem nowej władczyni.