Katarzyny cieszył się dużym prestiżem; od XIV do początku XVI wieku ważne zebrania zakonne dominikanów odbywały się właśnie w Stralsundzie.
W czasach reformacji budynek przeszedł w posiadanie miasta i klasztor jako taki przestał istnieć.
Następnie został przebudowany i wykorzystywany do różnych celów. W 1560 roku w zachodniej części dawnego klasztoru otwarto gimnazjum, a we wschodniej założono sierociniec. Kościół przyklasztorny był od 1678 roku wykorzystywany jako szwedzki arsenał broni, w późniejszych czasach (od 1815 roku) jako pruska zbrojownia. W 1902 roku także kościół został sprzedany miastu.
Po tym, jak w 1919 roku zlikwidowano instytucję sierocińca w klasztorze, budynek został kompletnie odrestaurowany i stał się siedzibą Muzeum Miejscowych Antyków i Dzieł Sztuki powiatu Neuvorpommern, którego dyrektorem był dr Rudolf Baier. Dotychczas zbiory tego muzeum znajdowały się w ratuszu oraz w budynku przy Badenstraße. Wspomniane Muzeum Miejskie było poprzednikiem dzisiejszego Muzeum Historii i Kultury. Na początku lat 50. XX wieku dołączyło do Muzeum Miejskiego nowo utworzone Muzeum Natury. To z kolei rozbudowano i przekształcono z czasem w Muzeum Oceanografii i Rybołówstwa. Dziś jest tu Niemieckie Muzeum Morskie.