Układ wydalniczy W pobliżu części grzbietowej jelita znajdują się naczynia krwionośne oplecione wypustkami cyrtopodocytów. Komórki te mają jednocześnie właściwości komórek płomykowych (protonefrydiów). Ciśnienie krwi w naczyniach powoduje przesączanie się osocza przez błonę podstawną oddzielającą wypustki cyrtopodocytów od endothelium (śródbłonka) naczyń. Kolagenowa błona pełni funkcję filtra niepozwalającego na wpływ dużych cząsteczek z krwi poza naczynie. Przechodzą przez nią małocząsteczkowe związki tj. mocznik, ale nie białka.
Układ nerwowy Układ nerwowy zbudowany jest z cewki nerwowej, przebiegającej nad struną grzbietową. Odchodzą od niej nerwy, złożone z korzeni grzbietowych i brzusznych. Korzenie grzbietowe unerwiają ścianę ciała i narządy wewnętrzne, a brzuszne – miomery. Lancetnik nie ma mózgu, a jedynie niewielkie rozszerzenie cewki na przednim końcu ciała – tzw. pęcherzyk mózgowy. Nie ma też oczu, ale reaguje na światło dzięki tzw. oczkom Hessego, czyli skupiskom komórek światłoczułych porozrzucanych wzdłuż całej cewki nerwowej.