W 1958 roku jednakże zdecydowano, w ramach oficjalnej polityki pojednania, że będą w nim chowane także ciała ofiar ze strony republikańskiej, pod warunkiem, że były wyznania katolickiego. W kolejnych latach do mauzoleum zwożono szczątki ekshumowane z pobojowisk i miejsc egzekucji. W Dolinie znajduje się grób rozstrzelanego przez republikanów w 1936 roku lidera Falangi José Antonio Primo de Rivery, usunięty 24 kwietnia 2023 roku, a do 24 października 2019 roku także grób Francisco Franco. Grób dyktatora przykrywała płyta ze złotymi literami "Francisco Franco Bahamonde", którą oświetlało światło z wykutego w skale okienka. Znajdował się również drewniany krucyfiks, wykonany osobiście przez dyktatora z drzewa jałowcowego. Przez wiele lat środowiska lewicowe dążyły do ekshumacji trumny ze szczątkami Franco i przeniesienia ich w inne miejsce. Po licznych bataliach prawnych, przy sprzeciwie rodziny generała, przeora Bazyliki oraz środowisk prawicowych 24 października 2019 roku grób dyktatora został zlikwidowany, a jego ciało pochowane na podmadryckim cmentarzu Mingorrubio.
Przed wejściem do bazyliki znajduje się wielki plac, z którego rozciągają się widoki na dolinę i na przedmieścia Madrytu.