Klimat Wyspy Morza Koralowego leżą w strefie klimatu podrównikowego wilgotnego, kształtowanego południowo-wschodnie pasaty i ciepłe prądy morskie. Przebieg temperatur jest typowy dla klimatu równikowego, gdzie średnia roczna temperatura wynosi 24-26 °C. Roczne i dobowe wahania są niewielkie. Opady największe są w okresie letnim, a najmniejsze zimą. Średnio w ciągu roku w zależności od położenia wyspy spada 1000 do nawet 3000 mm rocznie. Wyspy okresowo nawiedzane są przez huragany. mały|300px|Ptaki morskie występujące na wyspach
Wody Całkowity brak wód powierzchniowych. Wyspy są z tego względu nie zamieszkane, z wyjątkiem Willis Island, gdzie przebywa czteroosobowa obsługa latarni morskiej. Wody gruntowe to w zasadzie wody oceaniczne. Podłoże wysp jest przepuszczalne, przez co wody deszczowe szybko wsiągają w piaszczysty grunt.
Gleby Gleby są słabo wykształcone. Są to płytkie i piaszczyste pokrywy glebowe nie nadające się pod uprawę roślin. Wierzchnie warstwy gruntu są zasolone.