Jedynym rozwiązaniem było wyłączenie systemu OAMS i wykorzystanie silników systemu sterowania reakcyjnego przeznaczonych do sterowania w czasie wejścia w atmosferę. Astronauci musieli ustabilizować statek, którego obroty doprowadziły ich niemal do utraty przytomności. Kiedy kapsuła przestała się obracać, zaczęli eksperymentować z OAMS i doszli do wniosku, że jeden z silniczków systemu działa niezależnie od wydawanych komend. Armstrong i Scott zostali zmuszeni do natychmiastowego lądowania zaledwie 10 godzin po starcie. Wodowali w rejonie rezerwowym, na Pacyfiku. Oczywiście Scott nie odbył swojego zaplanowanego dwugodzinnego spaceru w kosmosie. Neil Armstrong, doświadczony pilot i oblatywacz, mający na koncie loty doświadczalnym samolotem rakietowym X-15, wykazał się w tej misji wprost niezwykłymi umiejętnościami i opanowaniem.
Agena kontynuowała swoją misję jeszcze przez dwa dni, zgodnie z planem opracowanym przez Centrum Kontroli. Rakieta wykonała dziesięć manewrów, całkowicie zużywając zapasy paliwa i energii elektrycznej. Ponad pięć tysięcy komend później Agena zamilkła.