W XV w. przebywał tu kardynał Zbigniew Oleśnicki, który znacznie rozbudował miasto. W Kunowie wykopano obszerny staw, który dostarczał siły wodnej działającym tu wówczas fabrykom sukna i kopalniom kamienia. Znajdował się tu drewniany kościół pw. św. Władysława. W 1502 r. miasto zostało złupione i doszczętnie spalone przez Tatarów, przez co utraciło prawa miejskie.
Dwór biskupi odbudowano dopiero w drugiej połowie XVI w. 29 sierpnia 1535 r. biskup krakowski Piotr Tomicki nadał Kunowowi ponownie prawa miejskie na prawie magdeburskim. Pierwszym wójtem w mieście został Mikołaj Brzeski – koniuszy biskupi. Dzięki protekcji biskupa Andrzeja Zebrzydowskiego miasto w 1548 i 1554 r. otrzymało nowe przywileje i ulgi, które pozwoliły mu się odbudować. Pozwalały one na pobieranie opłaty na utrzymanie mostu na rzece Kamiennej. Zwolniały także mieszczan kunowskich od opłat celnych i targowych na terenie całego kraju. W Kunowie znajdowały się kopalnie czerwonego i białego marmuru. W 1578 r. w mieście było 65 rzemieślników różnych profesji. Kunów zasłynął z produkcji kamienia, który był wykorzystywany do budowy dworów i pałaców w całej Polsce.