Następnie był sekretarzem stanu w tym resorcie do 24 sierpnia 2006, kiedy to objął urząd szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego i sekretarza Rady Bezpieczeństwa Narodowego.
Od 8 sierpnia 2007 do 16 listopada 2007 był ministrem spraw wewnętrznych i administracji w rządzie Jarosława Kaczyńskiego. 19 listopada 2007 ponownie został szefem BBN. 15 stycznia 2009 odwołano go z tego stanowiska. Jednocześnie otrzymał nominację na zastępcę szefa Kancelarii Prezydenta RP. 27 lipca 2009 został powołany na stanowisko szefa Kancelarii Prezydenta RP, zastąpił na tym urzędzie Piotra Kownackiego.
Zginął 10 kwietnia 2010 w wyniku katastrofy polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. 20 kwietnia 2010 został pochowany w Kwaterze Smoleńskiej na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie. Jego ciało zostało ekshumowane 29 czerwca 2017 w związku z prowadzonym w Prokuraturze Krajowej śledztwem w sprawie katastrofy smoleńskiej.
W 2010 jego imieniem nazwano jedną z sal w Krajowej Szkole Administracji Publicznej. Poświęcono mu tablice przy wejściu do Instytutu Historycznego Uniwersytetu Wrocławskiego (2010) oraz w siedzibie MSWiA, nazywając również jego imieniem salę konferencyjną (2016).
Życie prywatne Był synem Janiny Kinasiewicz-Stasiak.