Wkrótce po przybyciu udzielił schronienia pewnemu ściganemu syjamskiemu księciu, za którym – trop w trop – zjawili się siepacze. Zburzyli seminarium, a Pigneau’a zakuli w 40-kilowe dyby. Trawiony gorączką, niepewny jutra, coraz częściej przemyśliwał o śmierci. „Po tysiąckroć dziennie dziękowałem Panu” – pisał do swych rodziców – „że mogę cierpieć lub umrzeć dla Niego”.

Nie umarł jednak. Uwolniony po kilku miesiącach, zabrał się z zapałem do odbudowy szkoły. Cóż, kiedy w niecały rok później nastąpił napad chińsko-kambodżańskich piratów, którzy szkołę doszczętnie zniszczyli i wymordowali większość seminarzystów. Pigneau wraz z kilkoma towarzyszami zdołał zbiec; zdobył gdzieś wątłą łódkę, w której pokonał Zatokę Syjamską, Ciśninę Malakka, Zatokę Bengalską i dotarł do Pondicherry, placówki francuskiej w Indiach. Podobnie wielkiego wyczynu miał dokonać nieco później kpt. William Bligh, dowódca osławionego okrętu HMS „Bounty”.

W roku 1770 papież Klemens XIV konsekrował Behaine’a na biskupa Adranu, starożytnego miasta na Bliskim Wschodzie, które w okresie wypraw krzyżowych wpadło w ręce muzułmanów.