Po powrocie nadal wykładał w Wilnie (od roku 1819 jako adiunkt, od 1822 jako profesor nadzwyczajny, a od 1823 już jako profesor zwyczajny swej alma mater).
Profesor uniwersytetów kijowskiego i charkowskiego, przyjaciel i mentor Piotra Hułaka-Artemowskiego. Badał m.in. wywiezioną do St. Petersburga Metrykę Koronną. Ogłosił drukiem pomnik prawa litewskiego Statut Kazimierza Jagiellończyka z roku 1468. W 1824 roku wydalony z Wilna "poza granice polskich guberni" w ramach represji3 maja 1823 r. kilku uczniów podległego uczelni gimnazjum wileńskiego napisało na szkolnej tablicy „Wiwat Konstytucja”. Incydent ten stał się pretekstem do fali zwolnień na uniwersytecie, które dotknęły także Daniłowicza. Profesor nie bał się skrytykować działań władz względem uczelni, za co zwolniono go z piastowanych stanowisk i zakazano pracy na ziemiach polskich i litewskich. Ignacy Daniłowicz i jego latopis.