Systematyka Według analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Pola i współpracowników, Manidens jest heterodontozaurydem bardziej zaawansowanym niż późniejsze od niego Tianyulong i Fruitadens i siostrzanym dla kladu obejmującego występujące na terenach dzisiejszej południowej Afryki rodzaje Heterodontosaurus, Abrictosaurus, Lycorhinus oraz nienazwany takson reprezentowany przez okaz BMNH A100.
Historia odkryć Manidens został opisany w 2011 roku przez Diego Pola, Olivera Rauhuta i Marcosa Becerrę w oparciu o niekompletny szkielet (MPEF-PV 3211) obejmujący większą część czaszki i żuchwy, kręgi szyjne, tułowiowe i krzyżowe, lewą łopatkę i kości krucze oraz niemal kompletną obręcz miedniczną. Holotyp wydobyto ze środkowojurajskich osadów formacji Cañadón Asfalto w argentyńskiej prowincji Chubut, w lokalizacji Queso Rallado, położonej około 2,3 km na zachód od wioski Cerro Cóndor. Wiek warstw Cañadón Asfalto często ocenia się na kelowej–oksford, jednak nowsze analizy uranowo-ołowiowe i palinologiczne sugerują, że formacja ta może mieć 167–171 mln lat. Badania Cúneo i współpracowników (2013) wskazują, że osady, w których odkryto skamieniałości Manidens są jeszcze starsze, wczesnojurajskie (toark).