W czasie nauki Stefan Czaja brał czynny udział w życiu szkolnym, działał m.in. w Związku Harcerstwa PolskiegoArchiwum UMK w Toruniu. Nr albumu 13413/WH. Akta osobowe studenta Stefana Czai z lat 1.10.1962-14.06.1967. Ankieta indywidualna kandydata na I rok studiów.. Z przedmiotów objętych programem szkolnym najbardziej interesował się historią. Wielokrotnie brał udział w eliminacjach szkolnych kół historycznych pod nazwą „Olimpiady Humanistyczne”, w których był dwukrotnie nagradzanyKsięga Pamiątkowa Państwowego Liceum Pedagogicznego w Ostródzie. Ostróda 1963, s. 10.. W 1962 r. zdał egzamin dojrzałości.
W 1962 rozpoczął studia historyczne na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, wybierając dwie specjalizacje: pedagogiczną i archiwistyczną. Wybór kierunku studiów motywował chęcią „wzbogacenia swojego zasobu wiedzy, by potem pracować z pożytkiem dla społeczeństwa”Archiwum UMK w Toruniu. Nr albumu 13413/WH. Podanie o przyjęcie na Wydział Humanistyczny Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.. W czasie studiów aktywnie działał w organizacjach studenckich i społecznych, był m.in.