Zarzuty i postępowania Oskarżany przez różne środowiska o szerzenie rasizmu, antysemityzmu, znieważanie religii, tożsamości kulturowej Żydów i ich samych jako narodu, oraz o nakłanianie czytelników do czynnej, wrogiej postawy wobec przedstawicieli społeczności żydowskiej.
Obiektem krytyki są m.in. publikacje Jak rozpoznać Żyda, Prawda o żydowskich mordach rytualnych, Polsko-żydowska wojna o krzyże. W tej ostatniej Leszek Bubel używał określeń: „obrzezano im mózgi” (o studentach, którzy złożyli pozew przeciwko księdzu Henrykowi Jankowskiemu), „pejsaty paplament” (o Sejmie III kadencji), „podstępne jest żydowskie nasienie”.
Sam Leszek Bubel w wywiadach określał siebie jako „naczelnego antysemitę RP”.
W październiku 2005 Sąd Rejonowy dla Warszawy-Pragi uznał go za winnego znieważenia Żydów, a odstępując od wymierzenia kary, zastosował środek karny w postaci świadczenia pieniężnego w wysokości 2,5 tys. zł na rzecz Polskiego Czerwonego Krzyża. W lutym 2006 warszawski Sąd Okręgowy zmienił zaskarżony wyrok, skazując Leszka Bubla na karę grzywny w wymiarze 5 tys.