Niektóre gatunki chwastów ruderalnych wymierają natomiast na skutek zanikania niezagospodarowanych, nieuporządkowanych siedlisk towarzyszących ludzkim osiedlom i infrastrukturze komunikacyjnej. Negatywny wpływ na ich liczebność mają m.in. takie działania jak koszenie poboczy dróg i płatów roślinności towarzyszących ogrodzeniom i zabudowaniom, intensywna pielęgnacja trawników i ogrodów, likwidowanie gruzowisk, nieużytków, składowisk towarów, gnojowisk i miejsc stagnowania wody oraz odchwaszczanie terenów kolejowych.
Przykładami chwastów w różnych stopniu zagrożonych wyginięciem na terenie Polski mogą być: miłek szkarłatny, czechrzyca grzebieniowa, miłek letni, włóczydło polne, krowiziół zbożowy, czarnuszka polna, czyściec polny, jaskier polny, kurzyślad błękitny, kąkol polny, kiksja zgiętoostrogowa, kiksja oszczepowata, lepnica francuska, stokłosa żytnia czy złoć łąkowa. Do gatunków wymarłych zalicza się kaniankę lnową oraz lnicznika właściwego. Ponadto na regionalnych czerwonych listach znajdują się liczne gatunki niezagrożone w skali całego kraju. Przykładem może być ostróżeczka polna, na Dolnym Śląsku klasyfikowana jako regionalnie narażona na wyginięcie.